昨晚的梦发生在宇宙时代。少年与他几万光年外的笔友少年通信的时候，忽然发现了异常现象——笔友那边的星系用肉眼观察时，十几颗星星突然变得又大又红。而笔友也表示，从自己的星系看少年的星系，十几颗星星突然变成了又长又红又粗的线。两个少年惊讶于这异常的现象，开始各自调查。
而很快这个问题就被科学家解答了：少年的星系正在被黑洞吸引着向黑洞坠落过去，于是这个星系开始向外迁移住民。少年也搭上了星际火车，惶惶然不知道自己将要去向何方。火车上有个很清晰的细节，少年干吃方便面，从包装里拿出酱包丢掉粉包，然后一口面饼一勺酱……
少年这边的故事基本结束，接着是另一条记忆相对模糊的主线……从军方的角度来看这次迁移。同样坐上了这辆火车的军官少女却明白，即使一时逃开了这个星系，那个黑洞也会在吞噬这个星系之后继续膨大，直到吞噬下个星系的，最终整个宇宙都不能幸免。
知道这个事实之后有一部分军人决定坚守母星与母星共亡，而剩下的决定与民众同在，直到有一天再也无路可逃为止，于是告别坚守派的军人父亲，保护派的少女也踏上了旅途。后面还有一些类似星际足球赛啦之类的剧情特别模糊……实在挖不出来了。